Несколько месяцев назад я мучался с проблемой добавления CSS-стилей в напрямую в Html Masterpage без ссылок на файлы. Они удалялись при сохранении! Но решение найдено. Я наткнулся на статью Applying Custom Styles to Page Layouts in SharePoint 2013 и вуаля!
Добавлять теги style нужно на сразу за блоком <!—MS:<asp:ContentPlaceHolder id=»PlaceHolderAdditionalPageHead» runat=»server»>—> вот в таком виде:
<!--MS:<asp:ContentPlaceHolder id="PlaceHolderAdditionalPageHead" runat="server">-->
<!--MS:<style type="text/css">-->
#wr_leftNav { display: none !important; }
<!--ME: </style>-->